Město Hluboká nad Vltavou je členem Místní akční skupiny Hlubocko - Lišovsko.
Místní akční skupina Hlubocko - Lišovsko o. p. s. byla jako obecně prospěšná společnost založena roku 2004. Je sdružením podnikatelů a obcí, působících na území Hlubocka a Lišovska. Jejím cílem je podpora rozvoje venkova v rámci jednotné strategie, a to například v oblastech péče o kulturní a hospodářský rozvoj, cestovního ruchu, ochrany životního prostředí, meziregionální a mezinárodní spolupráce, rozvoje multifunkčního zemědělství a podpory malého a středního podnikání.
MAS Hlubocko - Lišovsko sdružuje 21 obcí dvou mikroregionů - Mikroregionu Budějovicko - sever a mikroregionu Lišovsko. Spadají pod ni: Adamov, Borek, Dubičné, Hlincová Hora, Hluboká nad Vltavou, Hosín, Hrdějovice, Hůry, Hvozdec, Chotýčany, Jivno, Libín, Libníč, Lišov, Rudolfov, Ševětín, Štěpánovice, Úsilné, Vitín, Vráto a Zvíkov.